El agua puede presentar contaminantes orgánicos con presencia de mayor o menos medida de virus y bacterias que hay que eliminar para disponer de una calidad que permita su consumo o su uso en la industria, sin perjudicar a los equipos de tratamientos indicados con anterioridad.
Los procesos utilizados en esta aplicación los clasificamos en estos tres grupos.

• Tratamiento térmico
Este tratamiento consiste en aumentar la temperatura del agua por encima del límite tolerado por los microorganismos ya sean virus, bacterias o parásitos.

• Incorporación de Oxidantes
Los oxidantes más utilizados en esta aplicación son: el cloro, bromo, flúor, dióxido de cloro y ozono.

• Radiación Ultra Violeta
A diferencia de los métodos químicos, mediante oxidación, la radiación ultravioleta, inactiva de forma rápida y eficiente a los microorganismos por medio de un proceso físico. Cuando los virus o las bacterias se exponen a las longitudes de ondas germicidas, pierden la capacidad de reproducirse e infectar.